Il libro si apre con la presentazione della famiglia Toscano, chiamata dagli altri abitanti del paese (Aci Trezza, in Sicilia) " Malavoglia". Essa è guidata in modo patriarcale da Padron 'Ntoni, e comprende il figlio Bastianazzo con la moglie Maruzza e cinque nipoti ('Ntoni, Luca, Mena, Alessi, Lia).

Nel 1865 Padron 'Ntoni tenta un affare: acquista a credito una partita di lupini dall'usuraio zio Crocefisso e la carica sulla sua barca "Provvidenza" in modo che Bastianazzo vada a venderla altrove e ci ricavi un guadagno. Nel viaggio notturno però la barca naufraga, Bastianazzo annega e il carico è perduto; a Padron 'Ntoni resta il debito da onorare. Ai funerali di Bastianazzo interviene tutto il paese, di cui il Verga può così raccontare fatti e misfatti.

Successivamente il nipote 'Ntoni torna dal servizio militare, e lo sostituisce il fratello minore Luca; 'Ntoni lavora col nonno per onorare il debito e salvare così la casa del nespolo in cui tutti vivono. In realtà zio Crocefisso non potrebbe rivalersi sulla casa, essendo questa sottoposta ad ipoteca dotale; ma il segretario comunale don Silvestro, rivale di 'Ntoni nel conquistarsi Barbara Zuppidda, consiglia subdolamente Maruzza a rinunciare all'ipoteca, e l'usuraio può mettere le mani sulla casa patriarcale: la famiglia è costretta a trasferirsi nella casa del beccaio.

Disgrazie e miseria si abbattono sulla famiglia Malavoglia: Luca perde la vita nella disfatta di Lissa; la povertà famigliare rovina il fidanzamento tra Mena e il ricco Brasi Cipolla, e costringe 'Ntoni a rinunciare a Barbara, nonostante la madre di lei odi don Silvestro; la "Provvidenza", rabberciata alla meglio, naufraga nuovamente, costringendo Padron 'Ntoni a una lunga degenza; la Maruzza muore di colera. Di fronte all'ennesimo colpo della sorte, 'Ntoni decide di cercare fortuna in qualche altra città, e parte; il nonno ed Alessi devono andare a giornata da padron Cipolla.

Presto 'Ntoni ritorna, senza aver raccolto il becco di un quattrino; sfiduciato, smette di lavorare, si dà al bere e si fa mantenere dalla Santuzza, proprietaria dell'osteria. Questa però si riavvicina al suo amante precedente, il brigadiere Michele, e 'Ntoni, cacciato via, si dà al contrabbando. Geloso della Santuzza, 'Ntoni si scontra violentemente con Michele, e quando questi sorprende una notte lui e i suoi compari contrabbandieri, lo uccide. Al processo l'avvocato difensore, Scipioni, adduce come movente del delitto la necessità per 'Ntoni di difendere la sorella Lia, che era stata oggetto negli ultimi tempi delle attenzioni di Michele. Essa così viene pubblicamente disonorata e deve cambiare città, mentre il nonno cade nell' apatia e, per non pesare sulla famiglia, si fa portare in carretta all'ospedale di Catania, dove morirà solo.

Con 'Ntoni in prigione, è Alessi a dover mantenere la famiglia, e col duro lavoro riesce a riscattare la casa del nespolo e ad andare abitarci con la sua famiglia, mentre Mena, ritenendosi disonorata, rifiuta la proposta di matrimonio del carrettiere Alfio Mosca. Dopo cinque anni, 'Ntoni esce di prigione, e, dopo una breve visita ad Alessi, lascia Aci Trezza per sempre.

Scritto nel 1881 è il primo romanzo dell'incompiuto ciclo "I vinti", ed è considerato il capolavoro della letteratura verista. Verga supera il bozzettismo veristico per contribuire in modo fondamentale alla creazione di una tradizione narrativa realistica in Italia. Nella storia del declino dei Malavoglia egli dà una rappresentazione lucidamente critica della crisi di una civiltà arcaica investita da nuove, spietate leggi economiche. Il suo attaccamento ai valori più autentici di quella civiltà (la famiglia patriarcale, la casa del nespolo) si accompagna alla condanna dei suoi colpevoli ritardi; ma su tutto domina un pessimismo di fondo, un senso di immobilità e immutabilità dei destini sociali e umani che è in netto contrasto con gli ottimismi trionfanti della borghesia italiana postunitaria.